Ministério das cidades
http://www.cidades.gov.br/

Ministério da Integração Nacional
http://www.integracao.gov.br/

IBGE
http://www.ibge.gov.br/home/

Embrapa (imagens recentes dos satélites Landsat 5 e 7, que abrangem 100% do território brasileiro)
http://www.cdbrasil.cnpm.embrapa.br/

INPE (imagens gratuitas do satélite sino-brasileiro CBERS)
http://www.dgi.inpe.br/pedidos_CBERS/index.html#IMAGENS

IPEA (dados demográficos, sociais, econômicos e de finanças públicas)
Os dados podem ser agregados por estado, macrorregião, mesorregião e municípios, entre outros.
http://www.ipeadata.gov.br/ipeaweb.dll/ipeadata?236969781

Atlas de Desenvolvimento Humano do PNUD (informações sobre as populações de todos os municípios do Brasil: escolaridade, moradia, renda, gravidez na adolescência, entre outros.
Essas informações podem ser georreferenciadas por municípios e estados.
http://www.pnud.org.br/atlas/

Política Nacional de Desenvolvimento Regional do Ministério da Integração Nacional
http://www.integracao.gov.br/download/download.asp?endereco=/pdf/desenvolvimentoregional/pndr.pdf&nome_arquivo=pndr.pdf

Agência Nacional de Águas – ANA
http://www2.ana.gov.br/Paginas/default.aspx